مکان یابی qtlهای اصلی و اپیستاتیک و اثر متقابل آنها با محیط برای صفات کیفیت پخت و خوراک برنج در یک جمعیت لاین های نوترکیب خویش آمیخته

کیفیت پخت مطلوب با توجه به ذائقه مصرف کنندگان در کشورهای مختلف متفاوت است، ولی میزان آمیلوز، درجه حرارت ژلاتینی شدن و خصوصیات نشاسته (حاصل از منحنی دستگاه رپید ویسکو آنالایزر)، شاخص های اولیه و اصلی تعیین کننده کیفیت پخت و خوراک دانه برنج در همه دنیا هستند. هدف اصلی این پژوهش، شناسایی پارامترهای ژنتیکی شامل qtlهای اصلی، qtlهای اپیستاتیک و اثر متقابل آنها با محیط در کنترل ژنتیکی این صفات بود. داده های آزمایش طی سه سال (1389-1391) از جمعیت لاین­های خویش آمیخته نوترکیب حاصل از تلاقی دو رقم برنج ایرانی هاشمی × نعمت جمع آوری شد. نقشه پیوستگی جمعیت با استفاده از 171 نشانگر ریزماهواره تهیه شد و سپس تجزیه qtl با استفاده از نرم افزاز qtl-network 1.2 که پارامترهای ژنتیکی شامل qtlهای اصلی، qtlهای اپیستاتیک و اثر متقابل آنها با محیط را برآورد می کند، انجام شد. در مجموع هیجده qtl اصلی برای 10 صفت مورد بررسی شناسایی شد که اغلب آنها روی کروموزوم 6 قرار داشتند. اثر متقابل qtl×محیط در ده qtl اصلی معنی دار شد، به طوری که تنوع فنوتیپی توجیه شده به وسیله این اثر متقابل برای هر صفت از 09/0 تا 14/8 درصد متغیر بود. هفده qtl با اثر اپیستازی شناسایی شد که 34 جایگاه ژنی در آنها دخیل بوده و دو qtl اپیستاتیک دارای اثر متقابل با محیط بودند. شش خوشه qtl که همگی روی کروموزوم 6 بودند و سه خوشه همبسته با جایگاه ژن واکسی و یکی از آنها همبسته با جایگاه ژن آلکالین بود، شناسایی شدند. نتایج این پژوهش نشان داد که برخی از صفات مربوط به کیفیت پخت و خوراک برنج توسط دو ناحیه ژن واکسی و آلکالین روی کروموزم 6 کنترل می شوند. بنابراین، از نشانگرهای همبسته با این دو ژن پس از ریز مکان­یابی و تایید آنها توسط برنامه های validation، می توان در برنامه های اصلاحی انتخاب به کمک نشانگر جهت بهبود کیفیت پخت و خوراک ارقام استفاده کرد.